《甲克机动战记》讲述地球上曾迎来一个神秘的巨型机器人，号称能保护宇宙，但人们都觉得这是一个荒诞的传说而已，不以为然唯独橘教授相信确有此事发生，并独自一人反复专心研究。在私立惠比寿中学，有八位可爱的少女，她们每天都管橘教授叫“机器人老师”，这其中不免带有一些嘲讽与好奇的意味。正当一切都看似正常的时候，危险濒临身边，无名机器人降临，由此少女们便陷入到了与机器人的隐秘而复杂的牵绊中。